La historia comienza con la típica historia de Superman: una nave espacial llega a Smallville con una lluvia de meteoritos que destruye parte del pueblo en octubre de 1989, en donde llega un niño de 3 años a quienes Jonathan y Martha Kent encuentran, a quien le ponen el nombre de Clark Kent. Aquí veremos a Clark ya adolescente enfrentándose a varias situaciones: aprendiendo a manejar sus poderes, el hecho de sentirse algo responsable de la muerte de los padres de Lana, y de la pérdida de cabello de Lex Luthor, a quien salva la vida en un accidente; a que sus poderes son casi expuestos varias veces y la lucha de él contra los afectados de los meteoritos (gente con poderes gracias a su exposición con los meteoritos); que Lex empiece a espiarle por lo del accidente; los celos del novio de Lana; y la sobreprotección de sus padres. Finalizando la temporada, Smallville se encuentra en una situación crítica: un grupo de tres tornados que ataca al pueblo. Uno se dirige a la Mansión Luthor con Lex y Lionel, el segundo hacia Jonathan y Roger Nixon, un informante de Lex, quien descubrió el secreto de Clark, y el último hacia Lana, quien despidió a su novio que se fue al extranjero, y Clark va a su rescate.
La temporada termina con Clark dirigiéndose hacia el vehículo de Lana atrapada en el tornado.
